功能醫學是一跨領域的臨床醫學，用系統性的人體生物學為基礎，將人體各個器官、系統視為一個整體，透過「整合」、「彼此互為網絡」的觀念，在個人的體質以及細胞的營養和功能上，針對各種可能影響健康的原因，去做整體性的分析和介入處理。
功能醫學視所有慢性、反覆性、衰老性的疾病，都是由於個別細胞或組織的功能不達預期，而後牽連了其他每一個運作環環相扣的器官，讓身體系統慢慢地失衡，產生疾病；這些問題的起因，都與我們的飲食、環境和生活方式息息相關。這樣類型的疾病，就像冰山被覆蓋在海平面以下的部分一樣，部位龐大且醞釀已久，及早去看到冰山一角下面被掩蓋的部分，是我們能扭轉慢性病的黃金時機和關鍵。
不只如此，有許多人被各樣的毛病困擾著，但去醫院怎麼檢查都找不出原因，常常被說是心理因素引起，這些毛病實際上也可能屬於「冰山水面下」的功能性毛病，如果沒有找出來其中的問題，就只能永遠處理大多數人認知的「冰山上方」的疾病了。
以糖尿病為例：
如果你在小的時候有一點肥胖，到了青少年時期又時常與速食、飲料為伍，到了年過三十之後，開始會出現一些血糖高低震盪的波動現象，到了四十歲時，抽血發現飯前血糖偏高（此時功能性問題已經出現，代表身體對於血糖平衡已經失控，是避免真正進展到糖尿病的最後時機），五十歲時血糖數值一去不復返了，六十歲時不得不與各樣藥物相伴，不到七十歲已經出現了神經病變、血管病變、腎臟病等併發症，最後要在不同科別之間遊走，想要有一個好的生活品質，只能靠想像了。
從以上的過程可以知道，其實每一個時期都有一個可以介入的時機點，如果錯過了，讓情況繼續發展，等到主要的器官：心臟、腎臟、胰臟等地器官功能低於臨界點後，要再力挽狂瀾就為時已晚，各樣的病痛出現也只是時間早晚而已。到了最後，我們就只能靠著藥物與「冰山上方」的疾病搏鬥而已了。
功能醫學，以全人的整體功能為出發點，而不是傳統的切割式的專科處理；同時以全人的觀念，了解每個人的心理狀態、營養飲食、生活型態、環境因素等可能影響身體健康的因素，再做出個人化的健康建議和處理。
可以說是為了解決新時代的各樣複雜疾病型態而出現的醫療模式。
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