功能醫學是一個新的醫療模式，觀念上的差別在於走出傳統：以病史及疾病分類導向的醫療方式，簡單地說，就是不只是將症狀們分門別類後找出「診斷們」，然後再根據各個診斷給予「公式化」的治療。
照著功能醫學的原則，我們會先探討病患的各樣功能性問題，並了解其生活型態、飲食習慣及環境背景作為參考依據，用以「人」、而非「病名」為中心的方式，照著各人需求，給予適合、可接受的臨床照護。
在傳統的西醫裡面，「疾病」就是體內本身的穩定狀態受到干擾而產生波動，偏離了某一個標準範圍，所以檢驗數值只要偏高或偏低就是異常、在範圍內就是正常，例如：血糖、膽固醇、血紅素等都是這個道理。而功能醫學把疾病看作是人體在生命歷程裡面經歷了一連串的不協調、失衡和惡性循環之後產生的「功能失調」；又因為是以人為中心出發，所以找到身體功能失衡的根本原因，而後給予矯正，讓人體各系統器官回復平衡，就是功能醫學所設定的工作目標。
為了讓人體的功能能夠得到適當評估與回復，功能醫學的應用特色如下：
以科學為基礎：將最新的醫學研究應用在臨床上。
考量個人生化特質：將個人的基因及環境影響納入考量。
以人為中心：不以找出疾病診斷為目標。
動態平衡：身體內外不同的因素影響身體狀態。
重視網狀關係：關心每個生理過程的交互關係。
認為健康是活力充沛：不是無病就是健康。
提升器官儲備：延長健康歲月，增加身體適應環境的能力。
而實務上，我們會考量每個人的兩大背景和六大平衡能力。
兩大背景：
環境因素：個人的飲食、營養、空氣、水質、運動、環境毒素等。
心靈狀況：針對家庭、工作、社會、信仰、壓力等做評估。
六大平衡能力：
荷爾蒙與神經傳導物質的平衡
免疫能力與發炎狀態。
腸胃功能：消化、吸收、腸內菌狀態
解毒能力。
氧化壓力與細胞粒線體能量代謝
結構性的平衡：肌肉骨骼的狀態。